期刊简介
本刊为卫生部主管、中华预防医学会主办的综合性预防医学学术期刊，国内外公开发行，本刊服务于广大会员和从事预防医学卫生科技人员，以促进国内外预防医学学术交流和医学发展，提高全民族的健康水平。
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- 杂志名称：中国预防医学杂志
- 主管单位：中华人民共和国卫生部
- 主办单位：中华预防医学会
- 国际刊号：1009-6639
- 国内刊号：11-4529/R
- 出版周期：双月刊
期刊荣誉：中华预防医学系列期刊优秀编辑奖期刊收录：统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), CA 化学文摘(美), 万方收录(中), 哥白尼索引(波兰), CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版), 国家图书馆馆藏, 维普收录(中), 知网收录(中), 上海图书馆馆藏
副溶血弧菌RIMD2210633与霍乱弧菌N16961中超级整合子结构差异分析
卢昕；阚飙；逄波
关键词：超级整合子, 副溶血弧菌, 霍乱弧菌, VCR, VPR, 基因盒
摘要：目的 确定副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus) RIMD2210633与霍乱弧菌(Vibrio cholerae)N16961菌株中超级整合子结构特点差异.方法 (1)使用Perl脚本搜寻RIMD2210633和N16961中superintegron (SI)中核心序列(core segment,CS)和反向核心序列(inverted core segment,ICS)；(2)配对核心序列和反向核心序列,获得副溶血弧菌重复序列(V.parahaemolyticus repeat,VPR)及霍乱弧菌重复序列(V.cholerae repeat,VCR)基因组位置信息； (3)使用Perl语言脚本获得副溶血弧菌RIMD2210633以及霍乱弧菌N16961的SI中重复序列,并获得基因盒的构成和分布信息；(4)使用全局比对软件Clustal W将上一步获得的所有VPR和VCR序列进行多序列比对,使用Perl语言脚本处理比对结果以获得一致性序列；(5)使用MEGA 4.0查看多序列比对结果,并使用Perl脚本计算各位置的变异频率,据此结果来分析副溶血RIMD2210633和霍乱弧菌N16961中的弧菌重复序列以及基因盒分布的特点.结果 在RIMD2210633的超级整合子鉴定了69个VPR,其核苷酸长度在91～125 bp之间.在包含128个核苷酸的一致性序列中,15个为保守核苷酸位点,113个为可变核苷酸位点.在副溶血弧菌的SI中,共确定了64个基因盒,基因盒的长度范围是420～1 709 bp,中位数是648 bp.在霍乱弧菌N16961的超级整合子中鉴定了1 58个VCR,长度在117～124 bp之间.在包含126个核苷酸的一致性序列中,37个为保守核苷酸位点,89个为可变核苷酸位点.N16961的SI中共存在1 46个基因盒,基因盒的长度范围是390～5924 bp,中位数是1 518 bp.结论 与霍乱弧菌的VCR相比,副溶血弧菌的VPR可变区序列变异更大,与弧菌重复序列之间序列一致性高的特点不相吻合.
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